Desde su fundación en la Colonia, San Marcos ha acompañado la agitada historia del Perú, unas veces como protagonista y otras, las más recientes, como víctima de las crisis que han agobiado al país. En la Reforma Universitaria de los años 20 desempeñó un papel central en la apertura a la ciencia y en la democratización de la enseñanza y la cultura. En la década del 60, San Marcos dejó de ser elitista y mesocrática para convertirse en universidad popular y de masas.